新横浜駅を利用してます。
確かに普段より混雑はしてますが、新幹線もJRも地下鉄も普通に走ってますよ。
それでも不安だという人は自分で判断するしかないのでは？
周辺のホテルに泊まるという選択肢もあると思います。