まあ、全て妄想ですが、続けます。
ボスはコブラ部隊を説得するのに苦労したと思います。コブラ部隊たちはスネークが本当にボスの志を受け継ぐに値するかどうか試したいと言います。ボスはスネークに勝ち目が無いと思いました。特にケネディ暗殺までやってのけたエンド爺さんには勝てないだろうと。それであの時はスネークを追っ払おうとしたわけです。しかしペインを倒したスネークの成長ぶりを見て一縷の望みを託してみたくなった。。。かもね