ジョン・ドゥはアメリカで言う身元不明の男性のことだったはずですから、多分ネイキッド・スネーク(ビッグボス)の本名ではないはずです。
ちなみに、身元不明の女性はジェーン・ドゥだったと思います。

４での雷電は…下アゴが砕けていて、そこから下がサイボーグ化されてるみたいです。
４をプレイすればその秘密が明らかにされるかもしれませんが、GESさんの推測は近いかもしれませんね(^ω^;)

詳しく知りたいなら、Wikipediaというサイトに行けば、だいたいストーリーやキャラの関連性が分かりますよ(^ω^)