一応物語の繋がり的には…。

MGS3→MPO→MG1→MG2→MGS1→MGS2→MGS4
って感じですかね？
　
他にもGB版のｺﾞｰｽﾄ〜やPSP版のｱｼｯﾄﾞなどもありますが…確か外伝みたいな扱いらしいです。

今月あたり、MPOについては、また新たな情報が入ると思います。