そして>>61さんの言う通り2の大佐はﾛｲではなくGWだったため、MGS2の時点で本物のﾛｲは雷電ともﾛｰｽﾞとも接点はないと考えられる。

そこで話はMGS4に飛んでact2のﾛｰｽﾞ無線で『上官であるﾛｲが気づかってくれたの』というｾﾘﾌからして、2から4の間にﾛｲはﾛｰｽﾞ、あるいは雷電の上官になっているとのこどだけど…
しかしﾛｲはﾓｾｽ事件の時点で退役してるため、ﾉｰﾏｯﾄﾞのﾒﾝﾊﾞｰ(最初ﾌｨﾗﾝｿﾛﾋﾟｰという形式かと思ったけど、ﾀﾝｶｰ事件で活動できなくなってるﾊｽﾞ)でｻﾆｰ救出作戦にﾛｲと雷電、あるいはﾛｰｽﾞが参加してもﾛｲはその二人のどちらとも『上官』『部下』の関係にはなりえないと推測した。そこで話に矛盾が生じるから"どうしてﾛｲと雷電、あるいはﾛｰｽﾞと『上官』『部下』の関係になれたのか"という第二の疑問が生まれた…という具合でした。
今はとりあえずGESさんの解釈で納得してる。一応ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽにも目を通したつもりんだけど、どっか概要載ってたっけ？

ﾅｵﾐの件は『ﾅｵﾐは実際会ってなかったため俺と勘違いして"彼"と呼んだ』と訂正してるけど、まぁ続編を考えてなかったんだろうなぁ(笑)