そういえば、フィランソロピーの出資者の一人が愛国者達のリストにあったそうですね。（MGS2）より。

やはり愛国者達は「メタルギア」を使ったテロに恐れていたので、
フィランソロピーを影から支援（または自ら設立）したってことで辻褄が合いますね。