Charlieさん：
『(雷電の)上官であるロイが気づかってくれた』の部分ですが…
『(私の)上官であるロイが気づかってくれた』という感じで認識するとどうでしょう？
MGS2で雷電は「大佐に会った事が無い」と言ってましたし…。

ﾃﾞｰﾀｱﾅﾘｽﾄとして軍に居たﾛｰｽﾞが、ｼｬﾄﾞｰﾓｾｽ以降何らかの軍職に復帰（多分戦闘に関わりの無い内勤系）したﾛｲの部下になり、ﾛｰｽﾞは愛国者のｽﾊﾟｲ活動の傍ら雷電と付き合う。
程なくﾋﾞｯｸﾞｼｪﾙ事件発生→終結。
雷電は酒浸りになり、ﾛｰｽﾞは仕事の時も雷電が心配になる。
そんなﾛｰｽﾞをﾛｲが心配。
ﾛｰｽﾞがﾛｲに相談。
ﾛｲが雷電と話をしようとするが雷電はそれを避けていた。

という感じで認識してみてはどうでしょう？